В подземных канализациях Нью-Йорка скрываются четыре брата-черепахи, обученные мастеру ниндзюцу - мудрому гуманоидному мутанту-крысу по имени Сплинтер. Они научились использовать свои навыки для выживания в опасном мире и, будучи юными, они уже могут справиться с любой угрозой.
Однажды, в хаосе большого города, черепахи встретили девушку Эйприл О'Нил, которая мечтала стать журналисткой. Когда она оказалась в центре ограбления, братья не могли оставить ее в беде и помогли ей справиться с грабителями. С этого момента началась необычная дружба между ними.
Но вскоре они узнают о серии громких краж, которые потрясли город. Расследуя дело, они раскрывают сеть мутантов, возглавляемую загадочным Суперфлай. Став подростками, братья осознают, что им придется использовать свою силу, чтобы остановить Суперфлай и его преступный синдикат.
Но они не одни - у них есть друг друг и с помощью своей дружбы и преданности они начинают бороться за мир и справедливость. Вместе они стремятся доказать, что мутанты и люди могут сосуществовать в гармонии. Им придется преодолеть много препятствий, но они не сдаются, потому что они черепахи-ниндзя - сильные и неустрашимые защитники города.
